關(guān)于超凈排放的爭議主要圍繞著“環(huán)境和經(jīng)濟效益投入產(chǎn)出比太低屬于勞民傷財”，“超凈排放技術(shù)方面沒有重大創(chuàng)新且嚴苛的條件并非一般電廠所能達到”，“電廠用優(yōu)質(zhì)煤其他用戶用劣質(zhì)煤依然會間接增大環(huán)境污染”等等。

首先關(guān)于環(huán)境和經(jīng)濟效益的投入產(chǎn)出比太低。不同的聲音是，從已完成的超凈排放燃煤機組項目來看，發(fā)電企業(yè)基本可以承受。隨著超凈排放技術(shù)與裝備的深入發(fā)展，未來成本下降有很大空間，做到0.015元/千瓦時甚至0.01元/千瓦時是完全有可能的。節(jié)能減排發(fā)展到今天成本升高是必然，不能因為成本升高就停止。

其次是超凈排放嚴苛的條件并非一般電廠所能達到。不同的觀點是，實現(xiàn)超凈排放的條件并不嚴苛，從現(xiàn)有的技術(shù)條件來看，基本上一半以上的煤粉鍋爐和約70%的CFB鍋爐都可以實現(xiàn)超凈排放，而且成本可以接受。

再次是關(guān)于使用優(yōu)質(zhì)煤與低質(zhì)煤的爭議。事實上，無論是電廠還是其他用戶都要用優(yōu)質(zhì)煤，東部、南部沿海地區(qū)應(yīng)該鼓勵用印尼、澳大利亞等進口優(yōu)質(zhì)煤，價格便宜，運輸、裝卸方便，內(nèi)地鼓勵用神華煤等優(yōu)質(zhì)煙煤。

另外，有觀點稱企業(yè)上超凈排放是為了新建煤電，保留現(xiàn)有煤電，怕氣電替代煤電而付出更高成本。甚至有偏激的聲音稱超凈排放是為了避免更大損失或者為了獲得局部利益而采取的不科學(xué)、不合理且對社會造成損失的做法。對此，有專家表示，我國燃煤發(fā)電為主的格局短時間內(nèi)不會發(fā)生根本性變化，而目前我國天然氣發(fā)電依然比較昂貴。超凈排放具備充分的科學(xué)性、合理性、經(jīng)濟性，作為需求創(chuàng)新，必將推動技術(shù)創(chuàng)新和管理創(chuàng)新。